Su išsamiu tinklu 4 uostai, El Salvador gali pasigirti galinga jūrų infrastruktūra. Pagrindiniai šakotuvai, tokie kaip Acajutla, La Libertad, LA UNION yra labai svarbūs tvarkant didžiulę prekybos apimtį, siūlydami įvairias logistines galimybes ir užtikrindami atsparų ryšį su tarptautinėmis laivybos juostomis visame pasaulyje.