Su išsamiu tinklu 16 uostai, Estonia gali pasigirti galinga jūrų infrastruktūra. Pagrindiniai šakotuvai, tokie kaip Dirhami, Heltermaa, Kuivastu yra labai svarbūs tvarkant didžiulę prekybos apimtį, siūlydami įvairias logistines galimybes ir užtikrindami atsparų ryšį su tarptautinėmis laivybos juostomis visame pasaulyje.