Su išsamiu tinklu 5 uostai, Honduras gali pasigirti galinga jūrų infrastruktūra. Pagrindiniai šakotuvai, tokie kaip La Ceiba, Puerto Castilla (HN), Puerto Cortes yra labai svarbūs tvarkant didžiulę prekybos apimtį, siūlydami įvairias logistines galimybes ir užtikrindami atsparų ryšį su tarptautinėmis laivybos juostomis visame pasaulyje.