Su išsamiu tinklu 91 uostai, Indonesia gali pasigirti galinga jūrų infrastruktūra. Pagrindiniai šakotuvai, tokie kaip Amamapare, Ambon, Balikpapan yra labai svarbūs tvarkant didžiulę prekybos apimtį, siūlydami įvairias logistines galimybes ir užtikrindami atsparų ryšį su tarptautinėmis laivybos juostomis visame pasaulyje.