Su išsamiu tinklu 9 uostai, Madagascar gali pasigirti galinga jūrų infrastruktūra. Pagrindiniai šakotuvai, tokie kaip Antalaha, Antsiranna (Diego Suarez), Majunga yra labai svarbūs tvarkant didžiulę prekybos apimtį, siūlydami įvairias logistines galimybes ir užtikrindami atsparų ryšį su tarptautinėmis laivybos juostomis visame pasaulyje.